Tutkimusaineistoja analysoidaan erilaisten menetelmien avulla riippuen kerätyn aineiston luonteesta. Menetelmät voidaan jakaa kvantitatiivisen ja kvalitatiivisen tiedon analysointiin sekä liikenteen suunnittelun menetelmiin.
Kvantitatiivista eli määrällistä tietoa analysoidaan perinteisesti tilastollisen analyysin avulla. Tilastolliseen analyysiin soveltuvia ohjelmistoja Vernessä ovat muun muassa SPSS, SAS ja MS Access. Vernellä on käytössä myös karttapohjainen ohjelmisto MapInfo ja Alogit. Liikenteen suunnittelussa käytetään muun muassa EMME3-, VISUM- ja CapCal-ohjelmistoja.
Tutkimusongelmasta riippuen analyysiin saatetaan käyttää myös kehittyneen data-analytiikan menetelmiä. Kehittynyttä data-analytiikkaa voidaan käyttää muun muassa tapahtumien välisen ilmenemisyhteyden tarkasteluun, tapahtumien luokittelemiseksi ennalta määriteltyihin ryhmiin, tapahtumien ryhmittelemiseen toisten samankaltaisten havaintojen kanssa, tapahtumasarjojen analysointiin, paikkatietoon liittyvään analysointiin ja tekstin automatisoituun analysointiin. Tällaisia menetelmiä ovat esimerkiksi luokittelu, klusteri-analyysi, sekvenssi- ja tilamallit, aikasarja-analyysi ja teksti-analytiikka. Analyysejä voidaan tehdä muun muassa SPSS- ja SAS-ohjelmistoilla.
Laadullista eli kvalitatiivista aineistoa voidaan analysoida muun muassa sisällönanalyysin avulla. Sisällönanalyysi on laadullisen tutkimuksen perusanalyysimenetelmä, joka voi olla joko yksittäinen metodi tai laajemmin ymmärrettävä analyysikokonaisuuksien teoreettinen kehys. Sisällönanalyysilla voidaan analysoida kirjoitettua ja suullista kommunikaatiota. Sen avulla kerätty tietoaineisto tiivistetään niin, että voidaan tarkastella tutkittavien ilmiöiden ja asioiden merkityksiä, seurauksia ja yhteyksiä. Sisällönanalyysissa tutkimusaineistosta erotetaan samanlaisuudet ja erilaisuudet.
Sisällönanalyysi käy menettelytavaksi minkä tahansa dokumentin analysoinnissa. Dokumentti voi olla esimerkiksi kirja, artikkeli, päiväkirja, kirje, haastattelu, puhe, keskustelu, dialogi, raportti tai joku muu kirjalliseen muotoon saatettu materiaali. Sisällönanalyysilla pyritään luomaan hajanaisesta aineistosta selkeää ja yhtenäistä informaatiota, jotta tulkinta ja johtopäätösten teko on mahdollista. Laadullisen aineiston analyysissa voi päättelyn logiikka olla induktiivinen eli aineistolähtöinen, deduktiivinen eli teorialähtöinen tai abduktiivinen eli teoriaohjaava.
Teorialähtöinen analyysi on monilla tieteenaloilla perinteinen laadullisen tutkimuksen sisällönanalyysilogiikka. Siinä analyysi nojautuu tiettyyn malliin tai teoriaan, joka kuvaillaan tutkimuksessa ja jonka mukaan määritellään kiinnostavat käsitteet ja analyysi-yksiköt. Teorialähtöisessä analyysissa aikaisempi tieto siis ohjaa aineiston analyysia. Teoriaohjaava sisällönanalyysi etenee kolmivaiheisena prosessina aineistolähtöisen analyysin tapaan. Prosessiin kuuluu aineiston redusointi eli pelkistäminen, aineiston klusterointi eli ryhmittely sekä abstahtointi eli käsitteellistäminen. Kun laadullisen tutkimuksen sisällönanalyysi on tehty, empiirisestä aineistosta on prosessin avulla muodostettu käsitteellinen näkemys tutkittavasta ilmiöstä.