1/2009

Dream-team hallitsee solunsisäisten ilmiöiden mallinnuksen

Dream-kilpailu

TTY:n Dream-teamin muodostivat tänä vuonna kuvassa olevat
yliassistentti Harri Lähdesmäki ja tutkimusapulainen Tarmo Äijö.
Lisäksi ryhmään kuului vanhempi tutkija Matti Nykter (Seattle, USA).

TTY:n laskennallisen systeemibiologian signaalinkäsittelyn tutkimusryhmä menestyi loppuvuodesta järjestetyssä Dream-kilpailussa Bostonissa. Kilpailun tavoitteena on tukea tehokkaampien laskennallisten menetelmien kehittämistä biologisten järjestelmien ja datan analysointiin.

TTY:n ja Institute for Systems Biology:n (Seattle, USA) tutkimusryhmät ovat yhdessä osallistuneet Dream-kilpailuun kahdesti. Molemmilla kerroilla ne ovat yltäneet mitaleille. Kilpailutehtävät ovat käsitelleet solunsisäisiä genomitason säätelymekanismeja.

Dream-kilpailussa annetaan tehtäviä, jotka liittyvät biologisten järjestelmien ymmärtämiseen. Tutkijat selvittävät näitä laskennallisilla menetelmillä.

- Tutkijat käyttävät useita erilaisia algoritmeja päätelläkseen erilaisten biologisten ja keinotekoisten verkkojen rakenteen. Mallinnuksen onnistumista arvioidaan monilla eri mittareilla vertaamalla laskennallisia ennusteita tunnettuun biologiseen systeemiin, joka on vain kilpailun järjestäjien tiedossa, kertoo kilpailussa molemmilla kerroilla mukana ollut yliassistentti Harri Lähdesmäki.

Kilpailun tulokset antavat tietoa laskennallisten menetelmien tuottamien verkkomallien luotettavuudesta.

- Vertailussa ovat siis tutkijoiden käyttämien laskennallisten menetelmien vahvuudet ja heikkoudet. Näin hahmottuu kuva menetelmien tuottamien solunsisäisien säätelymekanismien luotettavuudesta, Lähdesmäki kertoo.

Systeemibiologian signaalinkäsittelyn tutkimusryhmän vetäjä, professori Olli Yli-Harja luonnehtii maailmanlaajuista kilpailua vakavahenkiseksi ja vaikeaksi. Lähdesmäen mukaan kilpailuun osallistuminen ja siinä menestyminen tuo maineen lisäksi näkyvyyttä laskennallisen systeemibiologian tutkijoiden tekemälle työlle.

- Se myös osoittaa, että tutkimuksessa ollaan oikeilla linjoilla ja tulokset ovat hyödyllisiä.

 

Laskennallisen systeemibiologian tutkimusryhmä

TTY:n signaalinkäsittelyn laitoksen laskennallisen systeemibiologian tutkimusryhmä kehittää mallintamis- ja simulointityökaluja monimutkaisten biologisten ilmiöiden tutkimiseen. Se soveltaa tutkimuksessaan myös nykyaikaisten biologisten mittaustekniikoiden menetelmiä kuten geeni-, proteiini- ja perimän suurikapasiteettimittauksia ja erilaisia mikroskooppitekniikoita.

Tutkimusryhmään kuluu asiantuntijoita eri aloilta, muun muassa biologiasta, lääketieteestä, bioinformatiikasta, signaalin- ja kuvankäsittelystä, tilastotieteestä, matematiikasta ja ohjelmistotieteestä.

 

Teksti: Marjut Kemiläinen
Kuva: Tuuli Laukkanen

Kerro kaverille
Fuusiosta tulee totta
Fuusiosta tulee totta
1/2009
Fuusiosta tulee totta
 
1/2009
 
1/2009
Mäkihyppääjä ponnistaa älymonolla
Mäkihyppääjä ponnistaa älymonolla
1/2009
Mäkihyppääjä ponnistaa älymonolla
Kaikilla mielipide, mutta löytyykö osaamista?
Kaikilla mielipide, mutta löytyykö osaamista?
1/2009
Kaikilla mielipide, mutta löytyykö osaamista?
Laajakaistalla Pori Jazziin
Laajakaistalla Pori Jazziin
1/2009
Laajakaistalla Pori Jazziin
Edullisempia lasersovelluksia
Edullisempia lasersovelluksia
1/2009
Edullisempia lasersovelluksia
 
1/2009
Musiikin moniääninen nuotinnus teki rumpalista tohtorin
Musiikin moniääninen nuotinnus teki rumpalista tohtorin
1/2009
Musiikin moniääninen nuotinnus teki rumpalista tohtorin
 
1/2009
Aarteenetsintää GPS:llä
Aarteenetsintää GPS:llä
1/2009
Aarteenetsintää GPS:llä
MM-kyykkä vapusta seuraava
MM-kyykkä vapusta seuraava
1/2009
MM-kyykkä vapusta seuraava

Tampereen teknillinen yliopisto on teknologisen kehityksen tiennäyttäjä sekä tutkimusmaailman ja elinkeinoelämän yhteistyökumppani. Yliopistosta valmistuu haluttuja osaajia yhteiskunnan eri aloille.

Käyntiosoite:
Korkeakoulunkatu 10,
33720 Tampere

Postiosoite:
PL 527, 33101 Tampere

Puhelinvaihde:
03 311 511
ma–pe kello 8–16.15
kesällä ma–pe 8–15.45

Virallinen sähköpostiosoite:
tty.asiointi@tut.fi