Yliopistossa on tieteellinen neuvosto, joka toimii konsistorin alaisuudessa.
Tieteellisen neuvoston tehtävänä on (johtosääntö, 12 §):
1) vaalia ja arvioida yliopiston tutkimuksen ja väitöskirjojen tieteellistä laatua ja tehdä konsistorille esityksiä niiden kehittämiseksi;
2) tehdä konsistorille esityksiä tutkimuksen painopistealueista;
3) käsitellä muut sen tehtäväksi annetut asiat.
Tieteelliseen neuvostoon kuuluu viisi professoria ja viisi muun opetus- ja tutkimushenkilökunnan edustajaa sekä kaksi jatko-opiskelijaa.
Tieteellisen neuvoston kokoonpano toimikaudella 1.1.2011-31.12.2013 on seuraava:
Astola Jaakko, professori
Björqvist Tomas, tutkijatohtori
Hynynen Ari, professori
Kalema Timo, professori
Kanniainen Juho, yliopistolehtori
Kannus Kari, tutkimusjohtaja
Leppänen, Aino, jatko-opiskelija
Peltonen Tuomo, professori
Puhakka Jaakko, professori
Sarlin, Essi, jatko-opiskelija
Vinha Juha, tutkimusjohtaja
Virtanen Annele, yliopistotutkija
Tieteellisen neuvoston puheenjohtajana toimii tutkimuksesta vastaava vararehtori Paul H. Andersson. Asioiden valmistelijana toimii tutkimuksen kehittämispäällikkö Johanna Hakala sekä tarvittaessa muut yliopistopalvelut-yksikön työntekijät.