Säätiön hallitus on yliopiston ylin päättävä elin. Säätiön hallitus päättää muun muassa säätiön strategiasta, toimintaa ja taloutta koskevista asioista sekä muista laajakantoisista suunnitelmista.
Uuden yliopistolain ja TTY-säätiön sääntöjen mukaan hallituksen jäsenten on edustettava monipuolisesti yliopiston toimialaan kuuluvien tieteiden ja taiteiden sekä yhteiskunta- ja elinkeinoelämän kotimaista ja kansainvälistä korkeinta asiantuntemusta.
TTY-säätiön hallituksen jäsenet ovat:
PhD Tero Ojanperä (puheenjohtaja)
LKT Sirpa Jalkanen (varapuheenjohtaja)
TkT Leena Eskola
VTT Sixten Korkman
Professori, TkL Erkki KM Leppävuori
KM Marjo Miettinen
TkT, arkkitehti Anne Stenros