TTY-säätiön yliopistolain mukaisia toimielimiä ovat hallitus, rehtori ja konsistori. Konsistorin alaisuudessa on kaksi pysyvää toimielintä, opetusneuvosto ja tieteellinen neuvosto. Yliopistolla on myös muita toimielimiä, joista säädetään johtosäännössä.
Yliopiston yleistä hallintoa hoitavat hallitus, konsistori, rehtori ja yliopistopalvelut-yksikkö. Tiedekunnan yleistä hallintoa hoitavat tiedekuntaneuvosto, dekaani, koulutusohjelmien johtajat ja tiedekunnan kanslia.
Opetus- ja tutkimustoiminnan toteutuksesta vastaavat tiedekuntiin kuuluvat laitokset.
Rehtori, vararehtorit ja hallintojohtaja muodostavat rehtoraatin. Rehtorin apuna toimii rehtoraatista ja dekaaneista koostuva johtoryhmä.